連續色調的圖像是模擬的光學和電子設備，通過多種方法，如電信號波動或圖像中的所有尺寸不斷變化的膠片感光乳劑的化學性質的變化序列，準確記錄圖像數據。在連續音或模擬圖像進行處理，或由計算機顯示的順序，它必須首先被轉換成計算機可讀形式或數字格式。此過程適用于所有顯微鏡圖像，無論起源和復雜性，以及他們是否存在黑白（灰度）或全彩色。數字圖像是由一個長方形（或正方形）像素代表了一系列強度值的數組，并下令通過一個有組織的（X，Y）坐標系。

由于圖像尺寸一般在正方形或長方形，每個像素，從圖像的數字化的結果是由一個特定的x和y值安排在一個典型的直角坐標系的坐標對代表。 x坐標指定的水平位置或列的像素的位置，而y坐標表示的行號或垂直位置。

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